Нужно ли подавать 3НДФЛ от продажи комнаты стоимостью менее 1 млн. руб.

Я не подавала.

только если Вы владели квартирой менее 3-х лет

Да, нужно.
Обязанность подавать декларацию связана с тем, что Вы продали недвижимость, находившуюся в собственности менее 3-х лет. Тот факт, что по этой декларации налог к уплате получился 0 руб. , от необходимости ее представить не освобождает.
Не опоздайте до 30 апреля - иначе получится штраф в размере 1000 руб.