вобще не понимаю смысла ваших действий.. .
1) у вас перо в режиме контуров, что у вас по вашему там должно заливаться цветом?
2) причем тут заливка (как я понял имеется в виду инструмент с аналогичным названием) ?
3) какая может быть ошибка в слоях при наличии всего двух слоев, один из которых является дубликатом?
вы видимо вобще не понимаете что такое перо и зачем нужен этот инструмент, более того для вашей задачи этот инструмент и не нужен вовсе, радугу можно сделать обычным радиальным градиентом
так же можно через фильтр polar coordinates, через применение обводки в виде градиента к фигуре с параметром fill сниженным до нуля, как тут итд итп