Какой штраф перед налоговой за торговлю автозапчастями оптом для организации, используется ЕНВД,

Вам никто это так быстро не посчитает. Опт - это уже другой вид деятельности и другая система налогообложения ОСНО. Необходимо делить расходы и платить все налоги по ОСНО- ЕНВД.