В 1996 году клубное руководство решило модернизировать логотип команды. Новый дизайн кардинально отличался от старого: место казака в центре круга заняла большая зеленая буква «К» , обозначающая одновременно «Кубань» и «Краснодар» . Пшеничный колос символизировал жизнестойкость, которая в то нелегкое для российского футбола время требовалась, пожалуй, всем клубам страны.
Но эта эмблема «прописалась» лишь на форме игроков, СМИ предпочитали использовать привычную всем старую. В 1998 году «Кубань» едва не почила в бозе. Краевая администрация отказалась финансировать команду, из персонала и игроков остался только преданный коллективу запасной голкипер!
Выжила «Кубань» лишь благодаря генеральному директору ОАО «Роснефть-Краснодарнефтегаз» Ивану Паненко. Новое руководство создало свою эмблему. На ней центральное место занял логотип спонсора – компании «Роснефть» . Любопытно, что символ нефтяников представлял собой диаграмму, которую в тот период и напоминала игра «Кубани» – то неожиданные победы над лидерами, то поражения от явных аутсайдеров. Лихорадило команду здорово!
В 2001 году в связи с очередной сменой руководства последовали изменения в эмблеме «Кубани» : исчезли значок спонсора и привязка к Краснодару, зато появилась дата основания команды – 1928 год – и были возвращены пшеничные колосья. Такой вариант используется по сей день.