Какой процент снимается при пополнении карты Visa Internet? И какие ещё есть проценты?

Так это ж у каждого банка по своему, см. тарифы на сайте своего банка.
Обычно, если в своем же банке пополняешь, то бесплатно. Если через всякие там Qiwi, то посредник и берет проценты по своим правилам.
Покупки в интернете по карте будут без процентов, кроме иновалютных (там за конвертацию) . Проценты возьмут за межбанковские переводы.
Короче см. на сайте банка. Если уж делают интернет-карты, то сайт, какой-никакой с инструкциями быть должен.