Услышал чёткую фразу в америкнском сериале What you mean? без вспомогательного глагола to do, почему так ?

Скорее всего, прозвучало "what d`you mean" - трудно расслышать. Или действительно пропущен модальный глагол, это случается в разговорной речи, особенно при американском варианте английского.

what do you mean - если говорят быстро, не уловишь на слух