как так может быть, что в крови обнаружены хламидии, а в мазках нет? что делать и к какому специалисту обращаться?

Хламидии не только в гениталиях живут. Хламидийное поражение верхних дыхательных путей, хламидийные пневмонии, хламидийный блефароконъюнктивит не редкость. К терапевту идите.