Чем можно объяснить тот факт, что частота встречаемости наследственных заболеваний в религиозных сектах..

Это в любых замкнутых популяциях (малых изолированных племенах например или в искуственно выведеных чистопородных культурах животных и растений) .

Чем меньше людей в популяции, тем меньше генетического разнообразия, тем больше вероятности, что в геномах родителей окажется одинаковый рецессивный (вредный, испорченный мутацией) ген и таким образом он будет закреплён в потомстве.
Позитивные гены тоже закрепляются легче (селекция на этом и основывается) , но рецессивных в сотни раз больше.

Вот потому например у чукчей издревле принято пришлого человека не только угощать как самого дорогого гостя, но и упросить переспать с женой или дочерью. Это не чудачество, а насущная необходимость - нужно разнообразить генофонд, чтоб родились здоровые дети.

Да потому что они живут обособлено.

кровесмешение

Может, они там все друг с другом перетрахались уже в третьем поколении, и теперь проявляются последствия этого?

инцестом)

инбридинг

Политикой

Люди, состоящие в общинах более ответственно относятся к своему здоровью и чаще захаживают в мед. учреждения.