От куда на Юпитере кратеры? Это же газовая планета

И где это Вам сказали.

Значит, там находятся газовые кратеры

Имеется в виду громадные метеориты, с массами как целые планеты на больших скоростях были притянуты Юпитером и Солнцем, поэтому громадные метеоритные ямы, которые и образуют пятна.
Вообще-то пятно на Юпитере - это атмосферное явление, там уже триста лет ураган, который из космоса виден как пятно

Когда по планете дуют ураганы, то при большой яме будет как раз такие "задувания", как кажущийся ураган.

Предполагается что гиганты не совсем газовые. Имеется твёрдое ядро под толстым газовым слоем . Земля то же имела . Но в процессе образования Солнца произошла вспышка, которая сбила газ с планет до Марса включительно.