Почему компьютер стал иногда не отключаться, когда я нажимаю завершение работы на Windows XP SP3, не всегда, но порой?

Ну поскольку у вас пиратская версия windows и вы скорее всего устанавливаете всё подрят и не пользуетесь ccleaner, поэтому у вас ошибки в реестре и компьютер не очищен от всякой фигни и неотрегулирован автозапуск из-за этого ос как-то неудобно себя чуствовать и она иногда не может выполнять некоторые функции. Взяли бы выполнили msconfig да всё сняли с автозагрузки и всегда бы увас комп отключался. Так же проблемма может быть в оперативной памяти так, что её проверить тоже не мешалобы. В msconfig убирите всё кроме служб windows и службы Plug and Play.

перед выходом нужно выключать все приложения и программы...

Имелась такая же проблема, используй mwfix