сотрудник находясь в ежегодном отпуске принес справку вызов на сессию, как оплатить

Если отпуска совпали- то учебный отпуск оплате не подлежит.
Точно также нет оснований прервать очередной отпуск и уйти в учебный. Это не больничный и по этому основанию очередной отпуск не переносится.

Светлана Дятлова немного не права. В данном случае продление ежегодного оплачиваемого отпуска в связи с предоставлением учебного отпуска не предусмотрено ст. 124 ТК РФ. В данной ситуации речь должна идти не о продлении очередного отпуска, а о его прерывании в связи с наступлением права на учебный отпуск. А далее действуете в соответствии с ст. 173 ТК РФ.

Ежегодный оплачиваемый отпуск должен быть продлен или перенесен на другой срок, определяемый работодателем с учетом пожеланий работника
в других случаях, предусмотренных трудовым законодательством, локальными нормативными актами. (ст. 124 ТК РФ)
Учебный отпуск - это как раз тот самый другой случай. У работника есть законное право как на учебный отпуск, так и на очередной. Ни один из этих отпусков не отменяет другой.

Никак, он в пролете. В двух отпусках нельзя находиться

Если время учебного отпуска накладывается на отпуск ежегодный, то необходимо оформить отзыв из основного ежегодного отпуска. Сроки догуливания очередного отпуска согласовывайте с работником.
http://prokadry.blogspot.ru/2013/04/blog-post_17.html

Ольга права.
Поскольку график отпусков в организации уже утвержден и вы не желаете себе головной боли в текущем году, то ваши действия следующие.
1. Забираете у работника справку-вызов и письменное заявление о предоставлении учебного отпуска в сроки, указанные в справке-вызове
2. В этом же заявлении работник может указать о своем согласиии на перенесение отпуска (дальше по вашему выбору: на другой месяц, присоединении оставшейся части к отпуску за следующий год и т. д. )
3. Проводите перерасчет количества дней очередного отпуска, которые фактически использует работник
4. переоформляете записку-расчет,
5. Если требуется проводите пересчет отпускных