С помощью какой программы можно сделать прозрачный фон для видео-гида на сайт и как сохранить чтоб потом разместить.

Чего -чего? Трижды перечитал вопрос, но ни как не могу в него вникнуть.
Попробую догадаться: для создания "прозрачного" фона, видео изначально снимается на хромакее, а потом уже этот фон вырезается в прогах.
Если уже имеется такое видео, то Адоб Премьер, Эдиус, Сони Вегас в помощь.