могут ли отличаться итоговая оценка в аттестате и в личном деле за 9 класс?

ребенок сдал ГИА по физике и русскому на 5 + является победителем межвузовской олимпиады по физике, на основании которой зачислен в 10класс лицея при ВУЗе, в аттестате у нас по этим предметам 5ки. Пришли забирать из школы личное дело а там по этим предметам итоговые за 9класс 4ки. Директор была не против внести исправления в личное дело, но зауч заявила что итоговые в личном деле и в аттестате могут отличаться что итоговая в личном деле не учитывает оценку за экзамен.
Вот и хотелось бы узнать существует ли какой то официальный документ на этот счет?