во многих программах, даже при таких простых операциях - производится перекодирование.
И вот, к примеру описание такой, где нарезка производится без потерь качества:
SolveigMM AVI Trimmer - бесплатный видео редактор для быстрого редактирования AVI файлов без потерь качества. Программа имеет простой, интуитивно понятный интерфейс и работает без процесса перекодирования. Никаких ухудшений аудио и видео данных и проблем с синхронизацией после редактирования. Поддерживаются любые типы AVI файлов любого размера.
http://www.solveigmm.com/ru/products/avi-trimmer-mkv/
но, не режет MOV-ы с регистратора.
Более продвинутый вариант SolveigMM Video Splitter - редактор для MPEG-2, AVI, WMV, ASF, MP4, MKV, MOV, AVCHD, WEBM, MP3, WMA файлов. Он понадобится, если Trimmer не работает с нужным форматом.