Есть ли разница где оплачивать пошлину на загран паспорт на територии россии

нет, главное, чтобы квитанция об оплате в оригинале была у Вас на руках при сдаче документов на оформление паспорта

реквизите же есть -деньги дойдут с любой точки россиии

Нет. Главное, чтобы платеж был сделан по реквизитам того УФМС, в которм Вы подаёте документы на ЗП.