Do you know what what the rates of pay are? Почему are стоит в конце предложения, а не после слова what?

Объясню на примере. Вот утвердительное предложение:
Эти люди - врачи.
А вот два вопроса к этому предложению:
- Кто эти люди?
- Ты знаешь, кто эти люди?

Теперь все переведем на англ.
Эти люди - врачи. These people are doctors.
- Кто эти люди? - Who are these people?
Таким образом, в первом вопросе имеет место инверсия (перестановка) слов people и are. Это правило вы, конечно, знаете.
- Ты знаешь, кто эти люди? - Do you know who these people are?
В этом вопросе инверсия только в первой части (Do you know), во второй части ее нет. Почему? А потому что, в отличие от первого вопроса, здесь не спрашивают "Кто эти люди? " Здесь спрашивают "Ты знаешь...? "
И в вашем вопросе точно такая же ситуация.