матрицы одинаковые.
http://www.fujifilm.eu/ru/produkty/cifrovye-kamery/professionalnye-kompaktnye-fotoapparaty/model/x100s/features/na-puti-k-idealnomu-kachestvu-izobrazhenija-16-megapikse/
http://www.fujifilm.eu/ru/produkty/cifrovye-kamery/fotoapparaty-so-smennymi-obektivami/model/x-e2/features/matrica-x-trans-cmos-ii-i-processor-exr-ii-1/ На Х-Е2 еше убран антиалисный фильтр с матрицы, что повышает резкость, и матрица по технологии X-trans намного меньше шумит на высоких ИСО чем любая матрица зеркалки или беззеркалки APS-C формата.
Пример шумов матрицы некоторых зеркальных камер APS-C формата. Кэнон ЕОС 6Д - полнокадровая матрица.
Как бы да, в обоих моделях применяется матрица X-Trans SMOSII фомат APS -C -если и есть различия то нужно смотреть в характеристиках более подробно...
Дело не только в матрице, а также в процессоре и объективе (основное отличие) . А смысла их сравнивать нет, ХЕ-2 с объективом 23мм выдаст лучший результат, чем Х100S с тем же, родным (встроенным!!!) . Но пик сегодняшних фуджи - это ХТ1. Если есть возможность берите его, с 23мм или 35мм.