Планируется замена двигателя 5Е-FE на 4S-FE,коса и Эбу есть, с какими проблемами придётся столкнуться?

Может отличаться впускной тракт с датчиком расхода воздуха. А также выпускной тоже. Внимательно сравните разницу, иначе просто не заведётся.