У атома есть еще протоны, нейроны и электорны, которые в первую очередь тоже свою энергию имеют. Есть еще кварки, кванты, Бозон Хиггса, фотоны, адроны и т. д. Теоретически можно получить вечный двигателть от иона (так называемый ионный) и электрона (электрический) . Но тут две причины:
1) насколько стабильным будет оставаться ион/электрон? Да и существует закон сохранения: они либо разрушатся, либо должны отдавать энергию, переходя в другое состояние.
2) нет технологии, которой смогли бы держать элементарные частицы в одной "ложке".