Куда обычно ложат багаж в сидячем вагоне? Если у меня будет ноутбук то как обезопаситься от кражи?

Ложат говно под кустом, остальное кладут.
В багажный отсек.

Точно так же, как и в автобусе междугороднем кладут багаж, в вагоне нет специальных отсеков! )))

Иногда, есть полки вверху под потолком вагона и полки сзади пассажирских сидений, остальные варианты либо Ваши колени, либо пол.

Иногда и в плацкартном вагоне места делают сидячими, когда в праздники пассажиров очень много!

Держите на своих коленях, ноутбук не украдут, он может упасть с полки при движении состава! А лучше присмотритесь к соседу, ведь при особых нуждах Вы не понесёте его в причинное место! )))

В первый раз слышу, чтобы человек не ездил в сидячем вагоне!

Сидячие вагоны бывают 2 типов.

Во-первых, это т. н. общие вагоны - тот же плацкартный вагон, но билетов продают существенно больше, так что полежать можно только на верхней полке если удастся её захватить. В этих вагонах под нижней полкой есть ящик. Если положить туда и не вставать с полки, то никто не доберется.

Во-вторых, вагоны с "самолетными" креслами (был такой поезд Москва-Ленинград, ходил днем, может, и сейчас есть) . В нем вещи можно сложить только на полку над окном (как в электричке) .

Ну а если куда-то отойти, то только с собой.

на верху как в электричках есть полки - туда и кладут обычно.
обезопасить от кражи- с собой носить

Сумочку специальную для ноута и с собой на остановках брать . Так же документы