Как отформатировать второй жесткий диск

Видимо, запускаешься из-под той винды, которая на нужном диске. Попробуй с другой загрузиться и попробовать.

можно, главное не снести свою, через адменистратирование, управление дисками, тут можно удалить том, раздел на диске,
акроникс правдо делает это уже без дополнительных вопросов

Сначала определите, какой у вас первый, какой - второй. Возможно, вы файл подкачки распределили на оба (или на второй) . Короче, освободите тот диск, который вам не нужен. Проверить просто: сотрите все - если система не загрузится, значит, вы стерли не тот диск.

Проще всего это сделать, поправив загрузчик. Если удалить из него запись о ненужной системе, препятствий не будет. Как уже верно заметили, здесь два подводных камня - каждая система, запустившись, считает свой диск системным и называет его "С". Править загрузчик можно и прямо в его родной системе, главное - знать, какой из них управляет выбором систем. Принадлежность загрузчика и есть второй камень.
Шаг первый - дать имена системным разделам, обязательно латинскими буквами. Теперь, после загрузки первой по списку (или стоящей по умолчанию первой) - узнаём, какой из систем принадлежит загрузчик, считающий, что его система находится на диске 0, раздел 0.

вероятно вы хотите отформатировать диск С, а загрузчики обеих систем именно на С, вот и не даёт.. .
если его отформатировать, перестанет загружаться любая система, а они не камикадзе
загрузитесь на систему с диска С (реального, а не определяемого таковым системой, они обе себя считают ГЛАВНЫМИ) и спокойно форматируйте второй.