Новгород:
1478 год — Новгород и все его земли вошли в Московское княжество после походов великого Московского князя Ивана III (Московско-новгородские войны 1456, 1471 и 1477-1478 годов) .
зима 1569—1570 годов: войско опричников, лично возглавлявшееся Иваном Грозным, выступило в поход на Новгород, поводом к которому послужил донос и подозрения в измене. Были разграблены все города по дороге от Москвы до Новгорода, по пути Малюта Скуратов лично задушил в тверском Отроческом монастыре митрополита Филиппа. Число жертв в Новгороде было по разным источникам современников от 27 до 700 тысяч человек (цифра в 700 тысяч жертв — совершенно нереальная, так как в 1546 г. в городе было всего 35 тыс. населения) . В Новгороде разгром длился 6 недель, людей тысячами пытали и топили в Волхове. Город был разграблен. Имущество церквей, монастырей и купцов было конфисковано.
1611—1617 годы — Новгород подвергся шведской оккупации и был полностью разорён. К концу оккупации в городе осталось несколько сотен жителей.
1650 год — Новгородское восстание
1700 год — укрепление Новгорода в связи с объявлением Россией войны Швеции и поражением русских войск под Нарвой.
Москва:
Во время долгого 36-летнего правления Василия Дмитриевича для Москвы настали относительно спокойные времена. Настоящая опасность угрожала ей в этот период лишь однажды, в 1408 году, когда войско хана Едигея осадило Москву, но взять её так и не сумело. Итогом правления Василия стало новое расширение подвластных Москве земель — к его владениям были присоединены Нижегородское и Муромское княжества, другие земли. В конце XIV — первые годы XV века в Москве работал Феофан Грек, который держал свою мастерскую и выполнял церковные и светские заказы, расписав княжеские терема и соборы Кремля.
Вторая четверть XV века стала для Москвы беспокойным и разрушительным временем большой феодальной войны, победителем из которой вышел князь Василий Васильевич Темный (1425—1462, с перерывами) . Укрепляя свою власть в последующие годы, Василий ликвидировал большинство уделов внутри выросшего Московского княжества, поставил в зависимость от него ряд сопредельных земель. В 1439 году московские посады пожгли татары Улу-Мухаммеда. В 1451 году вновь под стенами Москвы появились татары ногайского царевича Мазовши. После падения Константинополя (1453) выросло значение Москвы как религиозного центра. В 1448 году впервые митрополит Киевский и Всея Руси (с резиденцией в Москве) был поставлен не константинопольским патриархом, а собором русских архиереев, что положило начало независимости русской церкви.