По каким признакам можно определить был ли утоплен телефон?

У некоторых телефонов есть специальный индикатор (маленькая белая бумажка на аккумуляторе, под ним, или еще где-нибудь под крышкой) . При намокании краснеет. Но она может краснеть и от влажности воздуха.

С ремонтом сложнее. Если дисплей меняли, или другие детали на коннекторах, то определить сложно. Надо изучать царапины на болтах, невооруженным глазом это не определить, если конечно их не подручными средствами выкручивали, а не отверткой в мастерской. Еще могут быть зазубрины в зазоре между частями корпуса - тоже след от разборки, но это если как попало разбирать. На плате могут быть следы некачественной и не аккуратной пайки, а может быть сделано все грамотно, и тоже на глаз не определить (тут посмотреть моно только со вскрытием) .
На андроид смартфонах вроде есть счетчик перепрошивок, но для доступа к такой информации нужно специальное устройство. Да и обнулить его тоже можно.