Купив обратный билет с Худжанда находясь в Симферополе можно выехать из Москвы с электронным билетом?

Самолетом - можно. У каждой авиакомпании своя регистрация проданных билетов, и она видна из всех аэропортов, откуда отправляются их рейсы.
На поезде - зависит от того, на каком сайте вы покупали билеты. Для отправления из Москвы надо было покупать билеты на российском сайте (ticket.rzd.ru). Если купили на украинском или каком-нибудь еще, сначала нужно получить настоящий билет. И сделать это в той стране, к которой относится сервис продаж.