Если покрасить у мотоцикла цилиндры жаростойкой краской, что-нибудь ухудшиться?

Конечно! Теплоотдача. И в конечном итоге охлаждение двигателя!
А вот ХИМИЧЕСКОЕ чернение алюминия наоборот, УЛУЧШИТ охлаждение двигателя...

лушше их отполеровать. краска дело не совсем хорошая, то слазиит то облазиит. А ничего не произойдёт красте и всё видел заводкие цилиндры покрашенные

Охлаждение ухудшится.
На вопрос, насколько - существенно или нет, ответить сложнее. Зависит от конструкции и от краски.

Краска (независимо от состава) ухудшает теплоотдачу!
Расчётный режим двигателя будет нарушен.
В сложных напряженных (жарким летом) условиях возможен даже клин!! !
Лучше очистить рёбра карчёткой или отпескоструить.