Подскажите пожалуйста, как конвертировать FB2 и PDF в JAR или JAD.Если это возможно то с помощью какой программы?

Это невозможно, как невозможно конвертировать мягкое в тёплое. . )))
Первые два - это фоматы документов, книг или другого текстового наполнения, а последние - явовские файлы исполняемых програмок, для телефона. . Вы можете в скачать читалку, которая сможет открыть для чтения эти книги. . Только так. ))