подскажите сколько способов есть попасть из горно-алтайска в томск и какой из них лучше?

Есть прямой автобус.
Этот вариант самый быстрый, но не думаю, что самый лучший. Все-таки 16 (примерно) часов в наших автобусах это слишком большая нагрузка. Я бы предложил сделать пересадку по Новосибирску, Разрыв между рейсами 2-3 часа позолит прийти в себя, нормально пообедать и отдохнуть от тряски. Пересадку по Барнаулу не рекомендую, потому что это изрядный крюк от прямого маршрута.
Еще более долгий вариант предполагает ночевку в поезде Бийск - Новосибирск. Зато он будет самый комфортный. По крайней мере спать будете лежа и без толчков от соседей.