Организацией, были утеряны подтверждающие документы о сдаче годовой декларации

Бесполезно. Все равно что писать против ветра. Либо ищите ОПИСЬ вложений, Либо сдавайте "О" а потом с цифрами корректирующий (иначе на цифры будут штрафы как мин 10% от сумм) . У меня даже было - отправила с годовым с дискеткой директрису сдавать, её развернули на электронку (прям при инспекции за 100р) , там приняли только ОПС, а мы все были довольны и уверены что сдали отчет (у меня еще были сомнения, что отметки нет, а в чеке только одна декларация) , но счет работал никто ничего не высталял, а потом понадобилась сверка ФСС и тут-то все и увидели что годового то нет. Сдавали со штрафом, благо незначительный поэтому с корректирующими не стали заморачиваться. И никакие оправдания не помогли.

Фискальный чек и уведомление не являются подтверждением отправки декларации по почте. Именно так мне однажды заявили в налоговой, добавив при этом: может вы нам пустой конверт отправили или чистый лист в него вложили. Для этого существует опись вложения, которая заполняется в двух экземплярах, один вкладывается в конверт, а второй с отметкой почты остается у вас.
Есть даже судебные решения по этому поводу.
Постановление ФАС Западно-Сибирского округа от 03.05.2006 N Ф04-1903/2006(21839-А45-40) по делу N А45-24934/05-54/90
Суд отклонил довод общества о том, что декларация представлена своевременно, сославшись на отсутствие описи почтового вложения. Опись свидетельствует о том, что налогоплательщик действительно направлял декларацию по НДС за определенный период.
По непроверенным сведениям скажу, что письма без описи вложения в налоговой просто выкидываются!

Попробуйте сделать запрос на почту, заказная корреспонденция должна регистрироваться.

Почта не всегда дает ответ на данный запрос, у нее нет таких обязательств.
Можно сдать декларацию еще один раз. Налоговая инспекция обязана будет Вас оштрафовать по ст. 199 НК РФ. Напишите ходатайство В соответсвии со ст. 112, 114 НК РФ налоговый орган будет обязан уменьшить сумму штрафа не менее чяем на 50%, просите минимум 100руб. , должнго прокатить.
Нужно быть самим внимательным и терять такие важные документы.