Какие документы необходимо выдать покупателю-организации при оплате безналичным расчетом, находясь на ЕНВД?

Находясь на ЕНВД, Вы торгуете с физлицами. Когда Вы продали товар юрлицу, то сразу эта операция не попадает в ЕНВД. Это уже общий учет. Выдаете все документы. Накладная, счет-фактура, счет на оплату.

смотря что покупают, если услугу, то акт выполненных работ

если не хотите попасть под общий режим налогообложения, то выдаете только товарный чек
Согласно ст. 346.27 Кодекса к розничной торговле относится деятельность по продаже товаров по договорам розничной купли-продажи (в том числе за наличный расчет и с использованием платежных карт) .
При этом п. 1 ст. 492 Гражданского кодекса Российской Федерации установлено, что по договору розничной купли-продажи продавец, осуществляющий предпринимательскую деятельность по продаже товаров в розницу, обязуется передать покупателю товар, предназначенный для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью.
Учитывая изложенное, в целях применения гл. 26.3 Кодекса под розничной торговлей следует понимать предпринимательскую деятельность, связанную с торговлей товарами как за наличный, так и за безналичный расчет по договорам розничной купли-продажи, независимо от того, какой категории покупателей (физическим или юридическим лицам) реализуются эти товары.
Таким образом, определяющим признаком договора купли-продажи является то, для каких целей налогоплательщик реализует товары организациям и физическим лицам: для личного, семейного, домашнего или иного использования, не связанного с предпринимательской деятельностью, или для использования этих товаров в целях ведения (осуществления) предпринимательской деятельности.
Предпринимательская деятельность по реализации товаров, назначение которых предполагает их использование в дальнейшем исключительно для ведения предпринимательской деятельности (по прямому назначению или для последующей реализации) , не может рассматриваться как осуществляемая в рамках розничной торговли.

Реализация товара по безналичному расчету подпадает на общий режим налогообложения или упрощенку (если вы подали заявление на УСН) .
Вы должны выдать товарную накладную по форме "торг-12" и счет-фактуру, с выделение НДС (если у вас нет уведомление на применение УСН)