Куда нужно сдавать справки 2_НДФЛ за сотрудников обособленного подразделения, не выделенного

В таких случаях у организации существует выбор: либо предоставлять справки 2-НДФЛ по месту своего учета, в том числе по работникам филиалов (таковы требования Налогового кодекса) , либо по филиалам предоставлять справки отдельно - по месту учета филиалов (таковы некторые разъяснения Минфина) . Поскольку в данном случае имеется неясность, а все разночтения по кодексу трактуются в пользу плательщика, то на практике организация сама выбирает приемлимый для нее вариант.
И тот, и другой нормам не противоречит; и выбор того или другого варианта нарушением не является.
Согласно порядка работы с НДФЛ налоговые органы обмениваются данными справок 2-НДФЛ в электронном формате, т. е. они все в конечном итоге попадают в инспекции по месту учета самого работника. Обмен производится систематически.
Поясню: если организация стоит на учете в городе А, а работник - в городе Б, то организация отчитается в свою инспекцию - в городе А. Эта инспекция отсортирует из предоставленных файлов всех работников, стоящих на учете (по своему месту жительства) в городе Б, и направит справки по ним в инспекцию в городе Б. Конечно, возможны задержки в обработке и передаче данных, особенно, если они достаточно объемные. Или предоставлены недавно.
Кроме того, существует единая база данных, т. е. в крайнем случае, инспекция, в которой стоит на учете Ваш работник из филиала, обратившийся за вычетом, может найти сведения формы 2-НДФЛ по нему и в этой базе.
Отказать Вашему работнику в вычете в связи с тем, что "не нашли справку 2-НДФЛ, предоставленную организацией", по этой причине просто невозможно! Мы работаем в Приморье и прекрасно находим данные работников, головные организации которых находятся, например, в Хабаровске, или в Комсомольске-на-Амуре, или в Якутии.
Единственное - Ваши справки должны быть правильно заполнены: так, чтобы работника можно было легко идентифицировать (ИНН или полные паспортные данные, правильное написание ФИО и т. п.) . Адрес проживания обязательно должен быть указан правильно - адрес регистрации (прописки в паспорте) , а не фактического пребывания, чтобы справку можно было отделить и определить инспекцию, в которую ее следует направить.

По месту регистрации ОП.

Налоговый кодекс

Вам уже дан ответ - см.