В 2016г купила квартиру, получила уже часть налогового вычета по справкам 2-НДФЛ. Теперь хочу продать и заплатить НДФЛ

Можете.
При продаже квартиры Вы будете применять специальный вычет, который так и называется "вычет на продажу недвижимости" в размере расходов, понесенных на покупку квартиры.
Вычет на приобретение недвижимости - совершенно отдельный вид вычета и его использование никак не влияет на возможность учета расходов при продаже.
Так что при продаже Вы имеете полное право применить вычет на продажу жилья в размере всей стоимости квартиры, независимо от суммы использованного вычета на приобретение жилья. Он здесь роли не играет.
Мало того, даже продав эту квартиру, Вы имеете полное право в дальнейшем получить остаток имущественного вычета на приобретение жилья. Причем именно с этой (уже проданной) квартиры - то, что Вы ее продадите на право дополучить остаток вычета, не влияет.

1)Прекращения права собственности не влияет на получение налогового вычета, вы имеете право и дальше его получать, пока не используете в полном объеме.
2) Вычитать из стоимости покупки квартиры полученный вычет не нужно.
3) Воспользоваться правом на вычет на приобретение нового жилья не получится.

При продаже квартиры можно предъявить к вычету всю сумму документально подтвержденных расходов на ее приобретение (пп. 2, п. 2, ст. 220 НК РФ). Т. е. если вы продадите квартиру дешевле, чем приобретали, налог платить не придется.

Налоговый вычет, который предусмотрен при покупке кваритиры, это возврат вашего НДФЛ, уплаченного в бюджет.

Налоговые вычеты при продаже недвижимости (в сумме 1 млн. рублей или в сумме расходов на приобретение этого жилья) - это другой вид вычетов