Купил квартиру в апреле 2012 года. Когда брать справку 2-ндфл для возврата налога: в конце 2012 года или в апреле 2013 г

налоговый вычет вам положен 2 000 000х13%=260 000
после подачи декларации Вам сразу вернут сумму НДФЛ, уплаченную за отчетный период.
А на остальную сумму не будут удерживать у Вас подоходный налог

Когда подадите 3ндфл, ее прокамералят и выдадут Уведомление, подтверждающее право на имущественный налоговый вычет. Его надо отнести работодателю

Можно не ждать окончания года, а нести уже сейчас докементы в налоговую
Посмотрите ст, 220НК
-вот выдержка 3. Имущественный налоговый вычет, предусмотренный подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, может быть предоставлен налогоплательщику до окончания налогового периода при его обращении к работодателю (далее в настоящем пункте - налоговый агент) при условии подтверждения права налогоплательщика на имущественный налоговый вычет налоговым органом по форме, утверждаемой федеральным органом исполнительной власти, уполномоченным по контролю и надзору в области налогов и сборов. Налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета у одного налогового агента по своему выбору. Налоговый агент обязан предоставить имущественный налоговый вычет при получении от налогоплательщика подтверждения права на имущественный налоговый вычет, выданного налоговым органом. Право на получение налогоплательщиком имущественного налогов

Право на получение налогоплательщиком имущественного налогового вычета у налогового агента в соответствии с настоящим пунктом должно быть подтверждено налоговым органом в срок, не превышающий 30 календарных дней со дня подачи письменного заявления налогоплательщика, документов, подтверждающих право на получение имущественного налогового вычета, которые указаны в подпункте 2 пункта 1 настоящей статьи.

В случае, если по итогам налогового периода сумма дохода налогоплательщика, полученного у налогового агента, оказалась меньше суммы имущественного налогового вычета, определенной в соответствии с подпунктом 2 пункта 1 настоящей статьи, налогоплательщик имеет право на получение имущественного налогового вычета в порядке, который предусмотрен пунктом 2 настоящей статьи.

Или можно в январе взять справку 2 ндфл у работодателя (если несколько мест работы, то у всех) и сдать 3ндфл декларацию уже в январе в ИФНС

Справочку 2-НДФЛ вы должны будете взять за весь кадендарный год, т. е. вам нужно дождаться окончания года, в январе возьмете справку, и после выхода версии декларации 3-НДФЛ и заполнения ее, вы сдаете декларацию.