Правильны ли проводки по командировочным расходам Дт 26 Кт 71 сумма 100 руб. за сутки. А остальные на Дт 91.2 Кт 71 ???

Елена, все расходы в виде суточных (сколько бы их не было) относятся на себестоимость (как правило 20, 26, 44 и даже можно относить на 10, если это касается закупки конкретных материалов или 08 по ОС) . А вот дальше идет корректоровка для целей исчисления налога на прибыль. Для целей налогообложения установлена норма суточных в пределах России 100 рублей. Но предприятие своими внутренними приказами имеет право установить норму суточных до 700 рублей (это нужно для того что бы не облагать расходы НДФЛ) . Но для ЕСН существуют старын нормы, т. е. 100 рублей. На 91 счет относятся прочие расходы, те которые непосредственно не связаны с основной деятельностью.

При чем здесь 91.2(Вы имеете ввиду сверх нормативные расходы? )
Отражение расходования подотчетных сумм на основании авансовых отчетов в зависимости от назначения и хар-ра расходов в Д-т 08,10,15,20,23,26,29,41,44,60-1,76,97

У нас наверное счета другие, но проезд если есть подтвежденные документы и суточные в пределах нормы относятся на расходы, а сверх нормы за счет фондов.

На сегодняшний день размер суточных для налогооблагаемой прибыли составляет 100 рублей. Это прописано в Постановлении Правительства РФ:
http://base.consultant.ru/cons/cgi/online.cgi?req=doc;base=LAW;n=53518
А здесь вопросы бухгалтером и ответы компетентных органин по данному вопросу, может быть Вас что-то заинтересует.
http://www.consultant.ru/search/?q=суточные+для+налога+на+прибыль&w=sch
Проводки Вы правильно написали. Только суточные сверх нормы должны облагаться НДФЛ.