Работаю в сфере грузоперевозок. Как ИП может принимать НДС у юр.лица?

Для начала Вам необходимо выяснить на какой системе налогообложения Вы находитесь: Упрощ система, общая либо ЕНВД. Если система у Вас общая, то без проблем можете выставлять счет заказчику с выделенным НДС. Тогда и заказчик будет платить на основании Вашего же счета, выделив НДС в платеже.
Если система налогообложения - УСН (упрощенная) , ЕНВД (един налог на вмененный доход) , то здесь всё гораздо сложнее. По налоговому кодексу при данных системах Вы не будете плательщиком НДС. Но вопреки кодексу можно выставить счет с выделенным НДС и принимать от заказчиков деньги. Только потом (в первом случае это тоже нужно делать) нужно выставить Вашему заказчику Счет-Фактуру на оказанные услуги с выделенной там суммой НДС.
Если все-таки Вы на УСН, то получив на свой расчетный счет оплату от заказчика скажем 100 000,00 руб . и в т. ч. НДС - 15 000,00, Вы должны будете оплатить эти 15 000,00 в бюджет и подать декларацию по НДС. Хотя применяете УСН и не являетесь плательщиком НДС.
Удачи.

Чтобы выписывать документы с НДС ИП должен находиться на общей системе налогообложения. Но для Вас это невозможно. Транспортные перевозки облагаются вмененным налогом, он обязателен, другого налогообложения для этого вида деятельности быть не может. При уплате Вмененного налога НДС нет и предъявить его клиенту Вы не можете. Освобождены от вмененки транспортники с количеством автомобилей больше 20, у них НДС может быть, если они не перешли на уплату упрощенного налога. Однако, я читала что вмененный налог может быть скоро отменен. Так что возможно, надо немного подождать.