Господа бухгалтера, спасите

Вы выставили счет на 118 000= (с НДС) , а вам оплатили 100 000= (без НДС) ?
Напишите письмо покупателю с просьбой доплатить 18 000= НДС, вам придётся всё равно начислить со 100 000= НДС - 18 000= -- получится, что за свой счёт.

Вы выставили счёт на 118 000=, покупатель оплатил 118 000=, но в платежке не указал, что в т. ч. НДС 18% - 18 000= ?
Тогда у вас будет доначислен НДС с 118 000=. Опять за Ваш счёт.
Тогда нужно от покупателя письмо, что они ошибочно не указали в платежке №...от.. . НДС 18 000=.
Если письма не будет, Вы можете сделать Акт сверки расчётов, где всё подробно расписать надо. И пусть покупатель распишется и поставит печать. Текст, к примеру, такой. ООО "А" отгрузило в адрес ООО "В" по накл. №...,сч. -факт. №... такой-то товар на сумму 118 000=, в т. ч. НДС 18% - 18 000=. ООО "В" платежным поручением №..от.. . оплатило товар в сумме 118 000=, в тч. 18% НДС - 18 000=. Расчёты произведены полностью, претензий у сторон не имеется.

Удачи!

дальнейшие действия зависят от вашего контрагента. вообще то точка соприкосновения в том, что налоговая при проверке может прикопаться к тому, что в счет-фактуре одна сумма, в платежке другая, в- общем, найдут за что зацепить. можно написать письмо в ту организацию с просьбой об уточнении платежа, можно вернуть платеж, и сделать новый - правильный. логики здесь не ищите, ее нет. наша налоговая при выездной проверке написала рекомендацию вести ндс по оплате, после этого вообще перестали чему-либо удивляться.

Пусть ваш покупатель напишет вам письмо, что просим считать по такой-то платежке сумма включает в т. ч. НДС столько-то.

НДС согласно НК РФ у нас как начисляется так и принимается к возмещению по правильно оформленной счет-фактуре и праве перехода в собственность т. е товарной накладной или акте выполненных работ и услуг вообше не понимаю причем здесь платежи. Тем более НДС учитывается методом начисления