Почему расходы на продажу списываются: Д 90/2 К 44, но в форме№2 в себестоимость не включаются?

Коммерческие расходы списываются в Дт 90, и в любом случае в Ф2 ДОЛЖНЫ отражаться в составе коммерческих расходов. Но есть исключение - если сумму расходов предприятие считает несущественной для раскрытия в отчетности (как правило устанавливается 5% критерий) , то можно включать расходы в себестоимость. Данное право предприятие должно закрепить в учетной политике. Вариант какой субсчет счета 90 2 или 6, применять предприятие выбирает самостоятельно. Оно может отражать проводку Дт 90.2 Кт 44 и выделять эти расходы отдельной строкой в Ф2. Я полагаю, что учет на 90.2 или 90.6 связан с настройками программы, которые сделаны на предприятии для формирования отчетности в автоматическом режиме.
Нормативка - ПБУ 4/99 Отчетность организации

В себестоимость данные расходы конечно включаются, просто в форме 2 выделена отдельная строка для расходов на продажу, для лучшей аналитики. Если же размер расходов на продажу несущественен, в таком случае их можно включить в строку себестоимость.

Расходы на продажу ПО-РАЗНОМУ отражаются в БУ и НУ. В НУ к допрасходам мы можем отнести только транспортные расходы (и то с оговорками) , все остальное - списываем в отчетном периоде. В БУ происходит т. н. капитализация, когда себестоимость объекта учета мы можем накручивать засчет допрасходов как угодно. Отсюда временные разницы в оценке товара, 43, 10 (ПБУ 18.02 :))