Что указать в договоре с клиентом касательно НДС, если выбрана УСН с объектом налогообложения Доходы (6%)?

Так и пишите (и в договоре и в счете-фактуре) : Без НДС или НДС не облагается.
А еще при применении УСНО счета-фактуры можно не выдавать.

Надо писать без НДС. Если напишите иное и, не дай бог, выдадите счет-фактуру с выделенным НДС, даже если уплатите в бюджет, налетите на штраф за нарушение НК, а Ваш контрагент тоже будет оштрафован, если он эту сумму НДС примет к вычету. Уменьшите цену на этот НДС, все равно он принадлежит бюджету.

В договоре нужно прописывать сумму и далее "без НДС".
Счет-фактуру вы не обязаны выписывать, но если просит контрагент, то в графе "сумма налога" указывать "без НДС".

Так и напишите отдельным пунктом в договоре, что ваша организация (ИП) применяет УСН и в силу ст. 346.11п. 2 или 346.11 п. 3 гл. 6.2 не является плательщиком НДС.
Счет-фактуру не выписывать не нужно, т. к. вы плательщиком НДС не являетесь и Налоговый кодекс с вас эту обязанность снимает.

Если в с/ф при УСНО вы выделили НДС, то придется заплатить данную сумму НДС в бюджет. Надо писать "без НДС".
С\ф можно при УСНО не выставлять, только акт выполненных работ (услуг) .
Организации, применяющие упрощенную систему налогообложения, не признаются налогоплательщиками налога на добавленную стоимость, за исключением налога на добавленную стоимость, подлежащего уплате в соответствии с настоящим Кодексом при ввозе товаров на таможенную территорию Российской Федерации, а также налога на добавленную стоимость, уплачиваемого в соответствии со статьей 174.1 настоящего Кодекса.

В Договоре пишете (без НДС, предприятие имеет УСН) , прикладываете копию документа, подтверждающего УСН. Про НДС забываете, счета-фактуры выставлять не имеете права, так как у вас не НДС по ставке 0%, вы освобождены от НДС