налоговый учет у ИП

ИП регистрируется по месту регистрации (прописка) физического лица, вести бизнес может в любом регионе, отчитывается по месту регистрации. В случае если вы изменили место регистрации (прописки в паспорте) вы обязаны будете перерегистрироваться по новому адресу.

Узнайте в налоговой, по-0моему надо вносит изменения в налоговую.

эти территории подведомственны одной ИФНС?
если да-то вообще не заморачивайтесь, только коды ОКАТО могут быть разные, так что уточняйте.

Регистрация там где прописка, при смене прописки подаются изменения, и в случае смены адреса на подведомственный другой налоговой инспекции, ваше юр. и финансовое дело и лицевые счета передаются в новую налоговую инспекцию. Если адрес остался под ведомством той же налоговой, то продолжаете отчитываться как раньше.
Если "город" это не Москва, то у вас скорее всего ЕНВД. В этом случае:
Если прописка не менялась и работаете вы (пусть даже несколько магазинов) на территории одной налоговой, то никаких дополнительных регистраций не требуется. Только следите за ОКАТО как было сказано выше.
Если у вас один магазин на территории инспекции где прописаны, а другой вы открыли на территории другой налоговой, то в ИФНС по прописке вы как отчитывались так и отчитываетесь дальше, а в ИФНС где открыт новый магазин вы должны встать на учет как плательщик ЕНВД и отчитываться по новому магазину в новой налоговой.

просто встаньте на налоговый учет в городской налоговой инспекции.