Верно ли брать НДС по итоговой сумме всей сметы?

Я не знаю

Вопрос немного непонятно задан ...Если Вы начислили НДС на МР, потом это число приплюсовали к остальным статьям сметы и еще раз начислили НДС уже на всю сумму, то Вы два раза начислили НДС на МР, что вызовет у заказчика сметы желание прекратить работу с вашей организацией. Если у Вас по смете все элементы однородны в отношении НДС (имеют одинковую ставку) то просто суммируйте их и начисляйте НДС на всю сумму. Если ставки разные, то итого вашей сметы надо будет группировать по ставкам к примеру:
а) 1800 р, в т. ч. НДС (18%) 324 р
б) 1100 р. в т. ч. НДС (10%) 110 р

С другой стороны Ваш вопрос можно понять как ситуацию, в которой в смету вписан НДС на МР того, кто Вам эти МР продал. Если так, то он этот НДС уже уплатил с Ваших денег... .

Можете конкретнее описать ситуацию?

Но они же сейчас продают эти МР Вам. И с этой продажи будут уплачивать НДС. А свой входящий НДС пойдет у них как вычет.

вообще берите по мат ресурсам - я думаю что это лучший способ не ошибиться

Они же полностью Вам передали свои затраты вместе с НДС, соответственно вы его предъявляете к вычету.