Организация на УСНО, выставили счет на 54000р. в том числе НДС 5224р. Какую сумму оплачивать??чт делать с НДС????

Думаю, стои позвонить в эту организацию и сказать что они ошиблись, иначе у них будут проблемы. Или они увидев свою ошибку могут вернуть вам деньги обратно на расчетный счет и вы снова будите оплачивать сумму только уже без НДС. Позвоните им. НДС с 54000 = 8237,29

Из вопроса не совсем понятно, вы выставили счет с НДС или вам этот счет выставил поставщик? Если этот счет выставили вам, то все правильно, вы его оплачиваете с НДС, так как указано в счете. Если у вас УСНО "доходы - расходы", то сумма уплаченного НДС включается в состав расходов, если же просто "доходы", то расход не имеет значения, но оплачиваете так же сумму с НДС.
Если же счет выставлен вами, организацией находящейся на УСНО, покупатель оплатил вам сумму вместе с НДС и получил от вас счет-фактуру, то несмотря на то, что УСНО дает освобождение от уплаты НДС, вы обязаны уплатить эту сумму в бюджет.

Счет оплачивать нужно во всей сумме 54000, В назначении платежа указать в том. числе ндс - 5224,00. Приходовать нужно вместе с ндс, т. е. НДС включаешь в стоимость товара, услуг. , т. к. упрощенка .

Сумму оплачивать нужно всю. НДС учитываешь как описано в Вашей учетной политике. Если нужно более подробно - пиши в мыло.

54000 и оплачивайте НДС уже заложен, если он втч