Поставщик выставил счёт с ценой с ндс и без ндс, а документы выставляет по цене с ндс

Что то не понятно, толи поставщик идиот, толи бухгалтерия. 1. Из вопроса если я правильно поняла, поставщик начислил НДС сверху, соответственно и в отгрузочных должен проделать тоже самое. Если указана стоимость без НДС, то НДС начисляется сверху на эту стоимость, если в т. ч, то уже входит в стоимость товара. 2. Поставщик по факту должен отталкиваться от цены без НДС, которую и указал в счете и при отгрузке начислить НДС сверху, а не продавать товар со стоимостью, где у него НДС в т. ч., да еще и сверху начислил, конечно бухгалтер не примет. 3. Если же поставщик все сделал правильно, но бухгалтер по какой то причине считает эту сделку сомнительной, то тут уже надо объяснить бухгалтеру суть дела и такую фигню как ндс и стоимость можно исправить в любой программе. 4. Если не прав поставщик, его неправоту можно объяснить ссылаясь на НК (глава 21) (п. 3 ст. 164 НК РФ) пусть почитает, так его действия не правомерны.

Возможно там речь о копейках идет, ну рубль, при расчете умножении цены без ндс и с ндс. Никто за этот 1-10 рублей в итогах судиться не будет, ни вы, ни этот поставщик.
Просто не доплачивайте этому клоуну разницу между товарной накладной и тем что оплатили ему по счету на предоплату. Потом спишите эти копейки.
Кроме товарной накладной он обязан дать счет-фактуру на отгрузку, а там явно указана цена без ндс, и если эта цена выше чем в счете на предоплату без ндс, то в принципе, могли бы посудиться, если была бы большая разница. Но а если копейки, и он упрям как бык -просто не платите ему. Тогда вообще то на несколько копеек ндс возместите, и себестоимость увеличите.
А так,
Во- первых, в счете на предоплату есть итоговая сумма по счету и количества поставляемого. Если у вас с этим поставщиком нет договора поставке, в котором указаны какие-то особые условия по цене, то счет является офертой -которую вы принимаете, оплатив данный счет, исходя из этого поставщик и обязан поставить на сумму поставленное по условиям данной оферты.
В суде же можете представить счет его на предоплату и товарную накладную, счет- фактуру на отгрузку.
Если хотите официально дальше, то напишите ему претензию и пошлите заказным письмом с описью вложения о нарушениях условиях поставки в части итоговой суммы поставки и требованием устранить это нарушение., потом в суде покажите.
Иначе не выполнение существенных условий поставки по цене. Но там разница копейки -судиться глупо.
Может вам лучше с глав. бухом этого поставщика поговорить, если у него этот глав. бух вообще есть, чем с самим этим упертым поставщиком. И им тоже, думаю, ни к чему чтобы эти копейки висели в сальдо.
*
Если существенное нарушение условий договора по ГК РФ повлекло за собой необходимость в подписании аналогичного договора, то сторона, чье право таким неисполнением было нарушено, получает право требовать с должника возмещения разницы между ценой по первоначальному контракту и заключенному впоследствии (ст. 393.1 ГК РФ, постановление пленума Верховного суда РФ от 24.03.2016 № 7).
https://rusjurist.ru/dogovory/ispolnenie_dogovora/neispolnenie_obyazatelstv_po_dogovoru_soglasno_gk_rf/

менеджеры обычно работают в программах, где цена включает НДС ("НДС в сумме")
бухгалтерские программы работают исходя из цены без НДС ("НДС сверху"),
мелкие проблемы из-за погрешности округления до копеек вылезают постоянно - все на это плюют

Не понятно про счет. Если же в счете указан НДС то и платите и разносите вместе с ним. Если он как то оформлен не верно, можете обратиться в их бухгалтерию. Но только что там может быть? Все программы делают автоматически, если только их сотрудник заполнял вручную.
У Вас это счет не прошлого года? Тогда НДС был 18%?.
Ну и нужно почитать как у Вас указано в договорах, порядок расчетов и оформление документов при отгрузке.
На словах как то не понятно. Если есть возможность отсканировать счет без шапки ( чтобы не видеть Ваших реквизитов с поставщиком) и скинуть его сюда. Интересно даже посмотреть что не нравиться. Да и между прочим счет не является обязательным документом.