Как выставить счёт на доплату НДС?

Нелепые фантазии... ))
Не бывает счетов на доплату НДС. И быть не может, поскольку НДС - не товар.
Корректировочных счетов-фактур, с которыми вы разобрались, тут тоже быть не должно.

Выписали счет-фактуру на аванс по ставке 18%, начислили НДС, включили в декларацию.
Прошла реализация - выписали счет-фактуру по ставке 20%, ранее начисленный с аванса НДС приняли к вычету.
И все.

Измените формулировку в договоре о стоимости, я так делаю, указываю, что стоимость товаров (работ, услуг) установлена без НДС, а НДС исчисляется дополнительно по ставке, установленной п. 3 ст. 164 НК РФ на дату отгрузки (получения предоплаты).

Вы не можете требовать доплаты налога, потому что это не получится у вас по двум причинам. Во-первых, у товара есть цена, с которой считается ставка НДС. Если товар стоил 118 рублей, то ставка НДС 18 рублей. Если вы хотите требовать доплаты только налога без увеличения стоимости товара, то НДС 20% при цене товара 118 рублей составит 19,67 рублей, а не 20 рублей, как вы того хотите добиться. И вторая причина. Клиент не платит вам НДС, а оплачивает стоимость товара. И поскольку вы не изменили стоимость товара, то нет оснований требовать доплаты налога, потому что он включен в стоимость товара. Поэтому вы вправе требовать либо доплаты за товар, а не только налог, но предварительно оформив соглашение об изменении цены товара, либо должны вернуть предоплату в декабре и получить в январе без изменения цены на товар, но с новой ставкой НДС. А ваше желание неосуществимо по правилам бухгалтерии и математики

Предоплата-2018, отгрузка-2019
В Письме от 06.08.2018 № 03-07-05/55290 Минфин, отвечая на вопрос о ставке НДС в отношении реализации по договорам, заключенным до 2019 года и предусматривающим перечисление авансовых платежей, указал: исключений в отношении таких договоров не предусмотрено.
В частности, сумма «авансового» НДС по полученной в 2018 году предоплате исчисляется продавцом по ставке 18/118 (абз. 2 п. 1 ст. 154, пп. 2 п. 1 ст. 167, п. 8 ст. 171 НК РФ); соответствующие данные заносятся в книгу продаж (п. 3 и 17 Правил ведения книги продаж). Налог будет предъявлен покупателю (абз. 2 п. 1, 3 ст. 168, п. 5.1, 6 ст. 169 НК РФ), и тот вправе воспользоваться вычетом (п. 12 ст. 171 НК РФ).
В момент отгрузки (2019 год) продавец исчислит НДС по ставке 20% (п. 3 ст. 164, п. 14 ст. 167 НК РФ), при этом заявит к вычету исчисленный им «авансовый» НДС по ставке 18/118 (п. 8 ст. 171, п. 6 ст. 172 НК РФ, п. 22 Правил ведения книги покупок). Покупатель, в свою очередь, учтет в составе вычетов «входной» НДС по ставке 20% и восстановит «авансовый» НДС по ставке 18/118 (пп. 3 п. 3 ст. 170 НК РФ).
Но поскольку сумма налога по сделке (из-за изменения ставки на два процентных пункта) меняется, стороны могут договориться о доплате налоговой разницы. Такие рекомендации (завязанные на то, когда – до или после начала действия новой ставки – внесена доплата) ФНС дает в Письме от 23.10.2018 № CД-4-3/20667@.
Доплата налоговой разницы произведена в 2019 году
Доплата налога, осуществляемая покупателем (как плательщиком, так и неплательщиком НДС) с 01.01.2019, в качестве дополнительной оплаты стоимости не рассматривается, поэтому исчислять НДС продавцу по расчетной ставке (20/120) не надо.
Покупатель – плательщик НДС.
При получении доплаты налога продавцу следует выставить корректировочный счет-фактуру на разницу между показателями суммы налога, рассчитанной с учетом размера доплаты налога, по счету-фактуре, составленному ранее с применением налоговой ставки 18/118.

Пример 1.
Условиями договора поставки товара (герметичные ведра) предусмотрена предварительная оплата – 50% цены договора.
В декабре 2018 года продавец получил аванс в размере (условно) 118 руб. (в том числе НДС – 18 руб.) и выставил покупателю «авансовый» счет-фактуру (№ 100 от 05.12.2018).
Отгрузка планируется на февраль 2019 года.
10.01.2019 стороны заключили дополнительное соглашение к договору, согласно которому стоимость поставки составляет 240 руб. (в том числе НДС – 40 руб.); авансовый платеж, соответственно, меняется – теперь он составляет 120 руб. (в том числе НДС – 20 руб.).
10.02.2019 покупатель доплатил сумму налога – 2 руб.
При отгрузке товара (в феврале 2019 года) продавец исчислит «отгрузочный» НДС в сумме 40 руб.
«Авансовый» НДС в размере 18 руб., уплаченный в бюджет по результатам IV квартала 2018 года, он при этом заявит к вычету. Также вычету подлежит доплата налога (2 руб.), рассчитанная на основании корректировочного счета-фактуры.