может ли ООО, перечислить деньги за оказанные услуги ИП без НДС?и ООО теряет какой либо %?

да запросто может вот пример
Вы продали услугу за 100 руб без ндс, он вам заплатил и забыл и Вы продали за 100, в т. ч НДС 18 руб, он вам перечисляет 100 рублей, а 18 возмещает из бюдета.... конечно с НДС выгоднее для него
ЗЫ: но если вы продадите ему за 82 рубля, тогда ему уже все равно)

Как правило, сейчас цены регулирует рынок и поэтому нельзя установить на товар цену на 18% дороже, если рядом, но у другого поставщика, можно купить подобный товар на эти же 18/% дешевле. Просто у вас его не купят. Поэтому, фирмам, платящим НДС, невыгодно что-либо покупать у ИП и других ООО, которые освобождены от НДС, ибо не будет зачета входного НДС. Иными словами, НДС вы платите на 18% больше, если бы покупали у ИП и фирм, не освобожденных от НДС. При выборе себе очередного партнера (если вы ООО на ОСНО) всегда интересуйтесь, на какой он находится системе налогообложения. Если на УСНО, то говорите им - ДО СВИДАНИЯ либо чтобы выписывали счет-фактуры. Они могут это сделать, если вы бесценный для них покупатель.

Ничего ООО не теряет, у него просто нет суммы для вычета НДС, но ИП и продает без НДС. Это ООО при заключении договора должно решить у кого выгоднее покупать, если ИП установил цену на товар равную цене с НДС других поставщиков, то этот ИП имеет доп. доход. Налогоплательщики НДС при выборе поставщиков должны сравнивать их цены без НДС (весь НДС принадлежит казне).