В ст. 238 ТК РФ, где говорится о том, что неполученный доход (упущенная выгода) не подлежит взысканию с работника. А, и

"Возникает вопрос: что выступает в качестве рыночной цены? Цена, по которой товар закупается предприятием, или цена, по которой он реализуется? То есть цена покупки или цена продажи (с учетом торговой наценки)? "
Ответ:
Для установления размера ущерба, подлежащего возмещению виновным лицом, организации необходимо сравнить две суммы:
- стоимость недостающих ценностей по данным бухгалтерского учета, т. е. их балансовую или остаточную стоимость, если речь идет об основных средствах или нематериальных активах;
- стоимость недостающих ценностей исходя из сложившихся рыночных цен на дату проведения инвентаризации и обнаружения данной недостачи.
Ущерб определяется по рыночным ценам, действующим в данной местности на день причинения ущерба. . Под "данной местностью" следует иметь в виду населенный пункт в пределах существующего административно-территориального образования.
Если "бухгалтерская" стоимость имущества оказалась выше рыночной, размер ущерба следует определить исходя из "бухгалтерской" стоимости. Если же рыночная стоимость имущества превышает "бухгалтерскую", взыскание будет осуществляться исходя из рыночной стоимости. В соответствии со ст. 247 ТК РФ работодатель обязан провести проверку для установления размера причиненного ущерба и причин его возникновения.
Трудовое законодательство не содержит положений, устанавливающих порядок определения рыночной цены. В данном случае возможно привлечение независимого оценщика или эксперта, который определил бы стоимость имущества в соответствии с Федеральным законом от 29 июля 1998 г. N 135-ФЗ "Об оценочной деятельности в Российской Федерации".
Уровень рыночных цен подтверждается документами, собранными работодателем для проверки. Ведь работник вполне может обжаловать размер вменяемого ему ущерба, и тогда доказывать свою правоту должен будет именно работодатель

Стоимость недостающих ценностей по данным бухгалтерского учета - лишь нижняя граница суммы ущерба, подлежащей взысканию.

И если организация не хочет принимать на себя бремя доказывания обоснованности рыночной цены (в случае возникновения судебного спора с работником), то вероятнее всего будет взыскивать с работника только фактическую себестоимость.

«При оценке ущерба обычно руководствуются данными бухгалтерского учета, а также сведениями о сложившемся уровне рыночных цен на соответствующие ценности. В качестве источников информации о рыночных ценах могут быть использованы:
- официальная информация о биржевых котировках;
- информация государственных органов по статистике, органов, регулирующих ценообразование, и иных уполномоченных органов;
- информация о рыночных ценах, опубликованная в печатных изданиях или доведенная до сведения общественности средствами массовой информации;
- данные об оценке, произведенной независимым оценщиком.

если речь идет о работниках торговли - то "ущерб с работника может быть взыскан по балансовой стоимости испорченного имущества " - цена покупки

Если есть система Гарант, то найдите "Комментарий к Трудовоиу кодексу Российской фкдерации (отв. ред. В. Л. Гейхман, Е. Н. Сидоренко) . - 8-е изд. , испр. и доп. - "Юрайт", 2012 г Там все написано в комментариях к гл. 39 ст. 238 и 246. Текст большой сюда в ответ не войдет.