ИП зарегистрирован в одном субъекте федерации, осуществляет деятельность в другом. Предприниматель находиться на УСНО.

всю отчетнность, кроме енвд (если вы на нем) вы сдаете в налоговый орган по месту регистрации ИП (то есть по сути по месту прописки) .

Понятие филиал действует только в отношении юридических лиц. Вам это не подходит. Остальные ответчики написали все правильно. Для вас будет огромным неудобством один раз в год менять ЭКЛЗ. То есть вы должны будете отвозить кассовый аппарат в город, где прописаны. В свою налоговую, потом опять в центр ТО, потом опять в налоговую)))) . Это практически не реально. Открывайте ООО. Зарегистрировать кассу - это цветочки)) ) Но если в городе, где осуществляется деятельность, действует ЕНВД, под который попадает ваша деятельность, необходимость приобретения кассового аппарата отпадает. Не обязаны плательщики ЕНВД применять кассовый аппарат.

Регистрировать ККТ надо по месту регистрации ИП, Cтавить на ТО в городе в котором ведете деятельность, по месту установки кассового аппарата.
Регистрация ККМ в налоговой прочитайте тут http://ipipip.ru/ART/art6.php весь перечень документов необходимых для проведения процедуры регистрации контрольно-кассовой техники

У Вас получается ФИЛИАЛ.

вы должны отобразить при составлении отчетности, что у Вас есть филиал в другом городе + известить об этом Налоговую, в таком случае регистрации ККМ осуществляется по фактическому месту кассовой машины.

В Налоговую: саму машину с документами (не забудьте сохарнить чек на покупку ККМ) - они должны записать номер машины.