Сколько заплатить НДС в бюджет лучше, чтобы не "дергала" налоговая. фирма ООО

Платить налоги-обязанность организации, а возмещать -право организации. Поэтому вы, когда отработав свои документы, связанные с НДС видите, что 1000 руб. у вас получается к "Возмещению из бюджета" , лучше уберите 1 документ и не проводите его, лучше 1000 руб. заплатить в бюджет, а не получить из бюджета. ИБО, как только вы сдадите Декларацию по НДС, вам придет бумага по камеральной проверке и вам придется нести кучу документов в налоговую (копии договоров, счетов-фактур, накладных) доказывая, что вам нужно эту сумму возместить. Вам это надо?

есть такое понятие, как "налоговая нагрузка". раз в несколько лет налоговые органы делают анализ уплаты налогов по предприятиям и дергают на комиссию. например. в оптовой торговле в прошлом году было 2.4 %( они берут оборот за год и налоги, уплаченные за год).

Налоговая особо не обращает внимания на тех, кто ставит НДС к оплате, а не к возмещению. Но и соотносит, конечно, общие цифры. Непременно дернут, если покажете НДС по реализации на 1млн, а входящий 999 тыс.
ЗЫ: ИМХО... Вообще, конечно, если говорить о Вашем вопросе, то это вопрос дилетанта в налоговских делах :-) , будьте аккуратнее, налоговики быстро вычисляют неопытность в применениии схем ухода от уплаты налогов.

Что бы не дёргала - заплатите столько, сколько положено, иначе - вероятности больше, и не забудьте это сделать вовремя.
Кстати, существуют законные способы "экономии" на налогах благодаря п. 7 ст. 3 НК РФ

В одной из Московских налоговых мне сказали что не будут вызывать на комиссии если сумма налога составит не менее 4% от суммы подлежащей уплате

разве сумма НДС так платится, чтобы налоговая не дергала?
Налоговая не будет дергать, если вы вовремя подали декларацию, заплатили НДС в бюджет и у вас есть все счета-фактуры с подписями, правильно заполненные.