Как считается штраф за неуплату пени при подаче уточненной по НДС?

Пеня это пеня, а штраф это штраф.
Срок оплаты и срок представления декларации указан в НК РФ.

1. Если декларация заполнена верно и представлена в срок, налог уплачен (тоже в срок) - ни пени ни штрафов нет.

2. Если декларация заполнена не верно, но представлена в срок, налог уплачен (тоже в срок) - налоговая доначисляет (сумма налога+штраф 20%(ст. 122 НК) +пеня (на сумму доначисленного) - в случае занижения суммы налога к уплате) .

3. Если декларация заполнена верно и представлена в срок, налог не уплачен (уплачен с пропуском срока) - пеня за каждый день просрочки оплаты.

4. Если декларация заполнена верно, но представлена с пропуском срока, налог уплачен (в установленный срок) - штраф по ст. 119 НК РФ.

5. Если декларация заполнена верно, но представлена с пропуском срока, налог не уплачен (уплачен с пропуском срока) - штраф по ст. 119 НК РФ. + пеня за каждый день просрочки.

6. Если декларация заполнена не верно, представлена с пропуском срока, налог уплачен (в установленный срок) - налоговая доначисляет (сумма налога+штраф 20%(ст. 122 НК) +штраф (ст. 119 НК) +пеня (на сумму доначислений) - в случае занижения суммы налога к уплате) .

7. Если декларация заполнена не верно, представлена с пропуском срока, налог не уплачен - налоговая доначисляет (сумма налога+штраф 20%(ст. 122 НК) +штраф (ст. 119 НК) +пеня (начисляется на всю сумму налога по итогам отчетного периода) .

8. Если декларация заполнена не верно, представлена с пропуском срока, налог уплачен (в установленный срок В ПОЛНОМ объеме. либо имелась переплата, покрывающая и доначисления налоговой инспекции) - налоговая доначисляет и зачитывает сумму переплаты на доначисления (штраф (ст. 119 НК) +пеня (если переплата по налогу возникла позже срока уплаты, установленного НК) - в случае занижения суммы налога к уплате) .

9. Если представлена уточненная декларация (налог к доплате) . а) Уплата произведена до представления уточненной декларации, но после срока уплаты - пеня. б) Уплата после представления уточненной декларации - штраф по ст. 122+пеня. в) имелась переплата по налогу до срока уплаты, установленного НК РФ - ни пени, ни штрафа.

10. Декларация не представлялась - арест р/сч.

Вроде бы все ситуации, хотя может что-то и пропустил.
" налог уплачен" - читать, как уплачен в сумме исчисленного налогоплательщиком.

а вы сначала подали уточненку, а потом доплатили налог? или все-таки наоборот? во втором случае никаких пени и штрафов не предусмотрено

Штраф считался бы в случае проверки налоговой, если бы Вы подали уточненку, а доначисленный налог ( штраф 20% именно на доначисленный) бы не уплатили. Но Вы -то его уплатили. Штрафа не будет. По хорошему, надо было бы и пени заплатить, чтоб не придирались. Посчитайте вот здесь http://www.glavbukh.ru/pencalc/?from=rightspr и заплатите, сумма- то ведь небольшая и Вам спокойней будет. Пени на пени не начисляются. Пени считатся на сумму доначисленного налога с 21.11 по день уплаты налога

Пожалуйста, напишите на основании какого нормативного акта Вы взяли эту хренатень??? ?
Сдали уточнёнку - 10 декабря, уплатили до начисленную сумму - 12 декабря. Пеня за два дня. Вы либо сами рассчитываете, либо ждете когда выставит налоговая. Никакие штрафные санкции по уплате пени не предусмотрены.