В 1С предприятии обнаружила, что перечисление налогов (в выписке банка) разносились не на 68,69 счета, а на 60

Получается у тебя уменьшалась з-ть поставщикам, а задолженность по налогам увеличивалась. Собери все суммы одной сумма и справкой отнести проводкой Д-т 68 К-т 60 и Д-т 69 К-т 60 или же сделай сторно Д-т 60 К-т 51 красным, а затем правильные проводки. 51 счет от этого не поменяется, кредиторская з-ть в общем тоже, только по счетам будут изменения.

Если счета неправильно указаны только при оплате налогов (т. е. по 51 счету) , а начисления учитывались на верных счетах, то при исправлении изменится кредиторка по 60 счету и по 69,68 счету, а значит изменится строка 1520 баланса, поменяется сумма НДС с авансов (ведь оплата вставала скорее всего на авансы и если указывалась сумма НДС вам нужно проверить отчетность по НДС, в вашем случае все возможно) , значит придется сдавать уточненную бух. отчетность и НДС (будет на уменьшение, а это проверка) . Проверте какие сумму в отчетах. А исправлять нужно в том периоде в каком были эти ошибки. Попробуте, создать еще одну информационную базу по этому предприятию и там попробуте исправить хотя бы по одному году и посмотрите что получится в итоге.

При переносе выписок из банк-клиент- все платежи уходят на 60 счет. поэтому я всегда проверяю проводки или лучше всего импортироваь из 1С в банк, а не наоборот, те более в налоговых платежах надо правильно вписать КБК.