За прошедшие года не закрыты счета 90,91 (1С БП 8.2)

1) После перенесения из семерки. Перед переносом надо было Реформацию баланса сделать, а так у Вас перенеслись остатки по 90 и 91
2) Закрыть не получается, ни вводом начальных остатков. Как это не получается вводом начальных остатков? Если убрать ввод остатков по этим счетам, то на них и будет 0. Может проблема в другом и программа "не закрывает" счета не по старым остаткам, а по уже сделанным в 8-ке?
Помогал с переходом с 7.7 на БП 8.2 порядка 20 организациям. Наиболее типичная ошибка в 7.7 это неверное понимание субконто у 20 и 90 счетов, в результате чего появляются нелепые проводки по кредиту 90 счета с указанием субконто "Зарплата", "Амортизация". На вопрос "Вы что продаете зарплату и амортизацию" ответ один - молчание. И если 7-ке вообще все равно на эти субконто, она прекрасно закрывает и 20 и 90 и 91 счета с такими ляпами, то для 8-ки при закрытии месяца/года очень важно значение "Номенклатурная группа"...
Не плодите "Номенклатурные группы" за ненадобностью, большинству мелких организаций учет по ним вообще не нужен и у них там всего один элемент - "Основная номенклатурная группа".

Это все конечно общие фразы, но что-то конкретное сказать без дополнительной информации сложновато.

Попробуйте сделать реформацию баланса.

при закрытии он ясно и дословно указывает на ошибки и пути исправления. Повнимательней будьте

Вводом начальных остатков не стОит, а вот операциями введенными вручную - можно всё )))
Смотрите внимательно ОСВ по каждому счёту и закрывайте ручками.