Нужно ли платить пени, если при уплате налога по УСН был не правильно указан код КБК?

Так как уже все сделано (сделали так как вам сказала налоговая, они вас обманули) , то теперь придется платить пени, т. к. налог (повторно) вы уплатили не вовремя. Вам нужно было делать не возврат налога и не платить второй раз, а сделать уточнение платежа, в этом случае пени не было бы.

Не нужно опережать события. Начисление пени и штрафов - это прерогатива налоговой... Если они вам предъявят счет на их оплату, то ради бога... платите. Если же нет, то и суда нет!!!

КБК-это как ФИО человека... заплатили не по тому КБК-отдали не тому человеку...

Вы перепутали кбк, но деньги всё равно попали в бюджет и государство ими пользуется. Поэтому не платите по новой (тут точно будут пени) , а просто напишите в ифнс письмо с просьбой перезачесть с ошибочного кбк на правильный.

Как Вам уже правильно посоветовали, необходимо подать в налоговую инспекцию заявление об уточнении реквизитов платежа, на основании которого инспекция примет решение о таком уточнении на день фактической уплаты налога. В результате обязанность по уплате налога будет признана исполненной, а начисленные пени должны быть отменены.

Суды также подтверждают, что обязанность по уплате налога считается исполненной независимо от правильности указания КБК в платежном поручении, и признают неправомерным взыскание штрафов, недоимок и пеней, если сумма налога с ошибочным КБК все же поступила в бюджет.